Năm học 2016-2017 nhà trường đã gặp nhiều khó khăn ngay từ đầu, như khó khăn về cơ sở vật chất, trang thiết bị phục vụ dạy và học còn thiếu,  trong đó nổi lên khó khăn của một xã biển trực tiếp chịu tác động nhiều mặt do sự cố môi trường biển Formosa gây nên (100% học sinh là con em gia đình sống nhờ biển). Thời kỳ  này, đã có 3 học sinh đã bỏ học và 15 học sinh có nguy cơ bỏ học do hoàn cảnh kinh tế gia đình khó khăn, ảnh hưởng không ít đến chất lượng dạy và học.